Como la mayoría de los platillos típicos de México, el origen de la cochinita pibil se remonta hasta la época prehispánica, sólo que, en lugar de carne de puerco, se utilizaba carne de venado, jabalí, faisán o pavo mezcladas con especias como el chile y el achiote para sazonar diferentes tipos de platillos.
Con la llegada de los españoles a América, quienes trajeron el cerdo a este continente, algunas recetas y técnicas de preparación de los antiguos pobladores de México fueron adaptadas para utilizar como base la carne de puerco.
El nombre de este platillo deriva de la forma de cocción de la carne; en lengua maya "Pib" significa "enterrado" o "cocinado bajo la tierra", lo cual nos permite saber que la carne para este platillo se cocía en agujeros escarbados bajo tierra, al igual que el zacahuil, que se consumen en otras regiones del país, o la barbacoa.
Este tipo de cocción puede alcanzar temperatura de hasta 200 grados centígrados y a través de este método de cocción se logra que la carne quede muy suave.
El adobo con el que se sazona la cochinita pibil está hecho a base de achiote o annatto, que es un pigmento natural de color rojo intenso que se extrae de las semillas de un árbol y era utilizado por los pueblos originarios de Mesoamérica como moneda de cambio y para el pago de tributos, así como para sazonar a sus platillos, teñir sus ropajes, repelente de insectos e incluso como maquillaje.
Con el paso de los años, se le fueron agregando diferentes ingredientes y especias traídas de otras latitudes, como la pimienta, el comino o clavo, lo que dio lugar a algunas variantes, aunque por lo general, se acostumbre acompañar esta delicia con cebolla morada y chile habanero encurtidos en salsa "xnipec", hecha con naranja agria, cebolla, cilantro y chiles habaneros.
